Y-5B继承了基本型飞机的机体结构和多用途适应性，但采用了抗腐蚀结构和专门研制的任务设备。其中包括具有应急抛投能力的大型药箱(或水箱)、高流率风动泵、各种规格的喷洒装置。舱内装新型环控系统、密封舱门。部分电子装置和仪表得到改进，驾驶舱内1～2名驾驶员。Y-5B换装一台从波兰进口的ASz-62IR活塞式发动机，功率为735千瓦(1000马力)。

运（Y）-5设计特点：

机翼　单支柱，不等长翼展的双翼。上、下翼上反角均为2°48′。全金属双梁骨架，前梁以后为布蒙皮。机翼平面形状为矩形。上翼安装有全翼展自动式前缘缝翼、开缝后缘襟翼和差动副翼。下翼装全翼展开缝襟翼。

机身　全金属半硬壳式结构，外形呈流线形。

尾翼　斜撑杆式金属蒙皮结构。位于机身的后上部。它包括带有斜撑杆的水平安定面、升降舵、垂直安定面和方向舵。

起落架　后三点固定式。主起落架由减震支柱、前、后撑杆、800毫米×260毫米的中压主轮组成，尾起落架由减震支柱、构架和470毫米×210毫米的低压尾轮组成。

动力装置　一台南方航空动力机械公司的活塞5发动机和J12-G15四叶金属螺旋桨。发动机起飞功率为735.5千瓦(1000马力)，巡航功率为632.5千瓦(860马力)。螺旋桨直径3.4米，飞行中能自动变距，变距范围15°。6个燃油箱位于上翼靠近机身的两侧，总容量1240升。滑油箱油量85升。

座舱　驾驶舱装有两个可拆卸座椅。舱罩上部有应急舱盖。舱内有通风和加温装置。风挡玻璃可以加温防冰。由于舱罩两侧突出于机身，所以有直接向下的视界。货舱地板能承受1500千克的集中载荷。地板上有系留环，用于固定货物。货舱内两侧装有10个简易座椅，两侧壁上各有4个320毫米圆窗。在左侧11号和15号隔框之间设有一个大货舱门，货舱门上装有旅客登机门。货舱内部可按客机型、农业型、跳伞型、救护型等进行改装。

系统　冷气系统主要用于起落架主轮刹车和当地面无气源时给起落架减震支柱或轮胎充气。风挡和螺旋桨备有防冰系统。飞机操纵系统为混合式机械操纵。机上电源为一台直流发电机和一个蓄电池。单相和三相交流电用变流器转换后提供给用电设备。

机载设备　装有航行仪表和通信导航设备。航行仪表有空速表、高度表、升降速度表、陀螺磁盘、陀螺半罗盘和地平仪。机上的通信设备有短波和超短波无线电电台。导航设备有自动无线电罗盘、超短波信标接收机、无线电高度表和机内通话器。